当时，弥太郎获得了一个游学江户（当时的东京）的机会，正在江户努力学习，突然传来父亲弥次郎因与所居住村庄的村长等邻居农民发生冲突而身负重伤的消息，弥太郎不得不迅速返乡。越过积雪满布的箱根山，跨过正在涨水的大井川河，仅用平时一半的天数便赶回了位于土佐的家乡。

弥太郎到乡公所告状，然而，对于平时便经常撒酒疯的父亲弥次郎来说，就连自己的家人都觉得他是个麻烦，因此，在乡公所没有一个人为他说话。所有证人都站在村长那边。于是，内心不平的弥太郎便在乡公所的墙壁上，用墨笔大书道:“官以贿赂而为，狱凭喜好而定”。

于是，弥太郎便被以扰乱治安的罪名关到监狱里。在对其行为是否有罪未做任何结论，上边也没有任何音讯的情况下，弥太郎的时间在监狱里不断地流逝。弥太郎在狱中给母亲美和写信说:“…请耐心等待我出狱，…千万不要因为我的事情而悲伤难过…”。最终，弥太郎在被拘7个多月后出狱，被削除家名并被驱逐出所居住的村庄。因为有此入狱的经历，其反抗精神可以说是深入骨髓。另外，在狱中，他还向住在同一房间的商人学习算术，学到了行商的奥秘。这次入狱的经验对弥太郎的未来产生了重大的影响。