1891年，岩崎久弥结束了长达5年的留学生活，从费城回到日本。当时的美国经济以煤炭、石油、钢铁等产业为中心迅速发展，那是一个卡耐基（Carnegie）、洛克菲勒（Rockefeller）、摩根（Morgan）等大资本家辈出的时代。与此同时，日本通过创办帝国大学，颁布宪法，召开议会等方式，以一个近代国家的崭新面貌大踏步向前发展。1893年，日本商法（旧商法）开始施行，三菱社改组为合资公司。以此为契机，年仅28岁的岩崎久弥就任公司总裁。在其担任三菱总裁的其后20多年，历经日清、日俄战争，也恰逢日本近代产业的兴起与发展时期。

岩崎久弥悉心听取公司干部的意见，逐一实现了岩崎弥之助所推进的各事业多元化发展。例如，在收入占公司总收入一半以上的矿业部门，除了收购筑丰及北海道的煤矿以外，还收购各地的金属矿山，并将位于大阪的冶炼厂收于旗下。煤炭和铜的产量显著增长，国内销售业务自不必说，海外出口业务也蓄势待发。发展势头良好的造船部门，在致力于长崎造船所的现代化建设的同时，在神户与下关建设新的造船所。通过参与位于丸之内的商业区建设，公司开始进军房地产业，同时，银行与贸易部门的业绩也在不断上升。此外，还涉足其后被称为化学工业之开端的焦炭生产业务，并在朝鲜半岛北部从事炼钢业务，还参与策划了麒麟麦酒的创业过程等。

1908年，随着公司业务的不断扩张与经营环境的日趋严峻，为了彻底提高公司员工的成本控制意识，岩崎久弥果断采取各项措施进行权限转让，其中包括授予各部门一定程度的可自由利用资本等。并最终将三菱合资公司分为银行部、造船部、总务部、矿山部、营业部、煤矿部等8个部门。创立了今天所谓业务部制度的前身，这体现了岩崎久弥的“各项业务由其相应的各方面专家负责管理”的经营理念。这正是从三菱自第一代总裁岩崎弥太郎以来一直沿用的总裁集权式经营体制（见《三菱汽船会社规则》第一条：“公司有关一切事项均必须遵从总裁的决定”）到现代化经营管理体制的蜕变。也是岩崎家四代经营中“起、承、转、合”过程中“转”的部分，可以说是三菱走向“组织化”的历史转折点。